1992 г. - в результате разрыва хозяйственных связей с бывшими республиками СССР и странами СЭВ положено начало кризису, обусловленному износом подвижного состава и неимением в наличии запчастей, блоков и узлов, производимых в соседних странах
1993-95 гг. - первые массовые отмены пригородных и местных поездов: в связи с износом подвижного состава отменены "протяженные" рейсы (Иловайск - Лозовая, Иловайск - Сватово, Попасная - Доброполье, Иловайск - Донецк - Луганск, Ясиноватая - Павлоград - Кривой Рог, Донецк - Ростов и пр.)
1993 г. - срыв планов на электрификацию участка Славянск - Электрическая (на участке были установлены столбы опор контактной сети)
Кризис подвижного состава начинает приобретать катастрофические масштабы. Наблюдались нерациональные составы грузовых и пассажирских поездов: электропоезда и дизельпоезда, одно- и двухвагонные составы под магистральным локомотивом ВЛ8 или 2ТЭ116
1995 г. - отмена пригородного поезда Валуйки - Старобельск; участок Валуйки - Лантратовка остался без пригородного сообщения с обслуживанием всех остановок местным поездом
1996 г. - массовые отмены пригородных дизельпоездов, обусловленные катастрофической нехваткой дизтоплива. Количество пригородных рейсов на Красноармейском, Иловайском, Дебальцевском, Попаснянском, Луганском участках было сокращено в 1,5-4 раза. Временная (до 1999 г.) отмена пригородного сообщения на участке Ларино - Доля. Отмена пригородного сообщения на участках Должанская - Несветай, Лутугино - Бразоль, Сентяновка - Авдаково
В моторвагонное депо Славянск пришел первый электропоезд Демиховского завода (Россия) серии ЭД2Т
Окончена электрификация участка Штеровка - Антрацит хода Дебальцево - Лихая. В проектах была предусмотрена электрификация до Лихой с токоразделом по Гуково
1997 г. - временная отмена пригородного сообщения зимой практически на всех неэлектрифицированных участках (подобные явления повторялись в 1998 и 1999 гг.). Окончательная отмена пригородного сообщения на участках Доброполье - Легендарная (с середины 80-х гг. существовало эпизодическое движение), Славянск - Электрическая. Длительная (до 1999 г.) отмена пригородного сообщения на линии Краматорск - Артемовск - Попасная
Начало изъятия из обращения устаревших электропоездов СР3 в Славянском моторвагонном депо
Разобран участок 1091 км - Закордонный линии Должанская - Новошахтинск
Начало крупномасштабного капремонта подвижного состава (КВР) на Донецкой железной дороге
1998 г. - участок Родаково - Лихая остался без дальнего пассажирского сообщения с сохранением пригородных поездов
1999 г. - зимой на некоторых неэлектрифицированных участках пригородные поезда ходили по дням. Отменены пригородные поезда на участке Изварино - Лихая
Начало демонтажа пути на участках Изварино - Лихая; демонтаж линии Должанская - Несветай
Неудачная попытка возродить прямой дизельпоезд на линии Донецк - Луганск (осенью ходил пригородный дизельпоезд Донецк - Кондрашевская-Н.)
2000 г. - запущен первый пригородный экспресс на железной дороге со времен Независимости - Ясиноватая - Иловайск - Мариуполь, который вскоре был отменен
Безуспешная попытка восстановить прямые пригородные поезда Иловайск - Торез - Дебальцево. В моторвагонное депо Дебальцево пришли дизельпоезда ДПЛ1
Отмена пригородных поездов на участке Должанская - 1091 км. Отменены пригородные поезда на участке Дебальцево - Попасная
Закончена электрификация участка Щетово - Красная Могила
2001 г. - запущены пригородные экспрессы Донецкой железной дороги: Ясиноватая - Мариуполь - Краматорск, Иловайск - Мелитополь, Сватово - Дебальцево. Южная железная дорога запустила пригородные экспрессы Харьков - Краматорск, Харьков - Артемовск, Харьков - Горловка и Харьков - Дебальцево. Впоследствии был отменен рейс Харьков - Артемовск, а рейс Мариуполь - Краматорск продлен до Славянска
Отменен последний электропоезд Иловайск - Таганрог; участок Квашино - Успенская остался без пригородного сообщения
В моторвагонное депо Ясиноватая-Западное поступил первый электропоезд Луганского завода ЭПЛ2Т
2002 г. - отменены местные поезда Дебальцево - Валуйки и Дебальцево - Лихая. Запущен рейс Донецк - Старобельск
2003 г. - сокращено количество транзитных пассажирских поездов на направлении Москва - Кавказ через Иловайск (переброска рейсов на ход Москва - Воронеж - Ростов)
Отмена пригородного сообщения на участке Софьино-Бродская - Бесчинская
2005 г. - восстановлено пригородное сообщение на участке Дебальцево - Попасная
2006 г. - начало массовых ремонтных работ на Славянском узле. Работы по ускорению хода Ясиноватая - Чаплино до 140 км/ч. Электрификация участка Дебальцево - Коммунарск на луганском направлении; запуск пары электропоездов Красный Лиман - Коммунарск - Славянск
Отменено пассажирское сообщение на участке Мочалинский - Воскресенская
2007 г. - массовые отмены пригородных поездов на Донецкой железной дороге, отмены местных поездов формирования Южной железной дороги. Без пригородного сообщения остались линии Попасная - Артемовск - Краматорск, Кондрашевская-Н. - Должанская, Красноармейск - Дубово, участки Мерцалово - Доброполье, Асланово - Мариуполь-Сорт. Временные отмены пригородных поездов на участках Торез - Софьино-Бродская, Менчугово - Новый Свет, Дебальцево - Попасная, Сватово - Купянск, Штеровка - Яновский. Отмена ежедневного поезда на участке Красноармейск - Павлоград. Поставлен на консервацию участок Миллерово - раз. 122 км Северокавказской железной дороги (в 2008 г. планировали расконсервировать участок от 122 км до Чеботовки, даже ремонт частично произвели, но известий о восстановлении пассажирского сообщения пока не слышно)
Установка турникетов на пригородных платформах ст. Иловайск, которая позволила увеличить выручку от продажи билетов на 40 %.
Открыт ход Ясиноватая - Чаплино на скорость 140 км/ч. Капитальный и средний ремонт участков Донецкой железной дороги в массовом порядке. Завершена электрификация хода Дебальцево - Луганск
Запущен пригородный экспресс Донецк - Луганск с составом Донецкой железной дороги. Запущен фирменный электропоезд Днепропетровск - Донецк с составом Приднепровской железной дороги и скоростные составы с фирменными межобластными вагонами Харьков - Донецк и Харьков - Иловайск (последний отменен) с составом Южной железной дороги
1993-2007 гг. - количество пассажирских поездов сокращено в 2,5 раза, в основном за счет переброски поездов направления Москва - Харьков - Кавказ на Воронежский ход. Количество пригородных поездов сокращено в 3,5-4 раза; без рейсового пассажирского сообщения осталось более 15 % эксплуатационной длины железной дороги. Разобран путь практически на 100 км железной дороги
2008 г. - в моторвагонном депо Ясиноватая проходит подготовку к запуску электропоезд ЭД4М для рейсов предположительно в мариупольском направлении
Запуск фирменного поезда № 10 "Троянда Донбасу" Донецк - Москва с новыми комфортабельными вагонами. Планируется обновить состав поезда № 37 "Донбасс" Донецк - Киев
Восстановлено пригородное сообщение на участках Менчугово - Новый Свет и Штеровка - Яновский. Запуск по ниткам отмененных пригородных поездов ежедневных рабочих составов Красноармейск - Золотые Пруды, Красноармейск - Дубово, Красноармейск - Доброполье и Красноармейск - Кураховка
Отменен пригородный поезд Иловайск - Камыш-Заря в связи с ремонтом пути на участке Ларино - Доля
2008-12 гг. - предусмотрена модернизация действующего вокзала в Донецке, ускорение ходов Ясиноватая - Мариуполь и Ясиноватая - Славянск - Лозовая, установка турникетов на пригородных платформах Красноармейска, Мариуполя и Луганска. Рассматриваются варианты электрификации участков Красноармейск - Доброполье и Ясиноватая - Мушкетово - Иловайск. Планы на перенос ветки Передача - Сталь (ДМЗ) в сторону Мушкетово - Гласной.
Предусмотрено комплексное обновление подвижного состава для пассажирских перевозок. Так, в рамках подготовки к Евро-2012 предусмотрено приобретение ок. 500 вагонов, 16 электропоездов, 15 дизельпоездов, 10 рельсовых автобусов.