В таком случае получается, что поезд заходит на территорию другого государства только из-за двух остановок, на которых будет выходить малое количество людей. В таком случае поезд становится нерентабельным из-за малого пассажиропотока на территорию Украины, и в итоге всё равно пропадает смысл курсирования его через территрию Украины.

Здесь может быть 2 варианта - если речь идет о дополнительных, летних, неосновных поездах, то пусть останавливаются там где останавливаются. Люди едут в Москву, на Кавказ, в Минск из Артемовска, Славянска, Горловки, Лозовой, пассажиропоток средний. А если возвращаться к практике до 90-х годов, когда эта ветка была основной и все фирменные поезда ходили через Харьков и Иловайск, и планировалось скоростное движение по маршруту Москва-Харьков-Кавказ  (а не Москва-Курск-Россошь-Кавказ), то есть возродить по-настоящему хотя бы пассажирское сообщение, тогда действительно, нужно выбрать несколько ключевых станций, где и организовать таможни. Для начала давайте выберем маршрут:
1 вариант: Харьков-Лозовая-Краматорск-Никитовка-Иловайск
остановки будут в Харькове, Краматорске, Горловке и Иловайске
2 вариант: Харьков-Артемовск-Иловайск
остановки будут в Харькове, Красном Лимане (?),  Горловке и Иловайске
Я выбрал Горловку, а не Никитовку, потому что ближе к Донецку, Енакиеву и самой Горловке
3 вариант (перспективный): Харьков-Лозовая-Краматорск-Донецк2-Ростов
остановки будут в Харькове,  Краматорске, Донецке-2
Здесь я предполагаю строительство объезда Ясиноватского и Иловайского узлов, стыковка по станции Донецк-2

С учетом того, что в ускоренном поезде Москва-Адлер уже отменили остановки даже в областных городах - в Рязани, Воронеже и Краснодаре, то если пускать через Украину, то  вполне возможно 2 станции - одна в Харькове и одна в Донбассе. Кстати, как они  решают проблему стыковки переменного и постоянного тока (если в Рязани нет остановки)?

Вначале решали проблебу электровозом двойного питания ЭП10.
Ксати, посмотри на расписание СЭ Днепропетровск - Киев, в нём нет остановки на станции Пятихатки-Стыковые, а там смена рода тока.

Допустим, что отменили таможенный досмотр для едущих из Росии в Росию. И выходящих и входящих таможируют досматривают на станциях (фактически на платформе при любых погодных условиях). Легко наладить контрабас по такой схеме: Россиянин едит из, допустим, Белгорода в, допустим, Таганрог. Набирает товар дешевый в России и дорогой в Украине или запрещенный товар или подакцизный товар. Далее, украинец набирает также такой товар, но наоборот и садится в поезд для проезда из, допустим, Харькова в, допустим Горловку. Так как украинец едет внутри Украины, то не подвергается таможенному досмотру (или будет предложение проходить досмотр?, если да, то на каком основании?). Далее втретившиеся граждане меняются затаренным и всё чики-пики.
Если предлагается отмена ПТК, то как вы предлагаете решение указанной проблемы?